提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
RCEP生效一周年 宁夏企业享惠进出口货值逾8.3亿元******
中新网银川1月10日电 (记者 李佩珊)记者10日从银川海关获悉,自《区域全面经济伙伴关系协定》(RCEP)2022年1月1日正式生效至今,宁夏RCEP项下享惠进出口货值8.39亿元(人民币,下同),进出口企业享受RCEP关税优惠约2500万元。其中,受益最明显的是机械制造、清洁能源等产业和特色农食产品加工上下游产业链。
RCEP协定释放的政策红利,成为宁夏壮大开放产业、实现更高水平对外开放的强大动力。
“我们公司生产枸杞、大枣、黄花菜、菊花、桑果干等特色农产品,主要出口到日本。2022年以来,借助RCEP实施机遇,通过积极开拓国际市场‘抢订单’,结识了不少‘新朋友’。”宁夏弘耘行生物科技有限公司贸易部胡文静说,凭借海关签发的RCEP原产地证书,其公司出口产品在对方国家还可享受8%至12%的降税幅度,真正实现双赢。
关税减让是RCEP的最大亮点,真金白银的实惠让企业签证热情高涨。“有了我们提供的RCEP证书,客户在海外办理通关手续时就可获得对方国家的关税减让优惠,极大提升了公司国际市场竞争力。同时,在银川海关的指导下,我们已经顺利通过了RCEP项下经核准出口商审核认定,成为RCEP实施后宁夏首家经核准出口商,公司产品在RCEP‘朋友圈’中认可度更高,我们的信心和底气也更足。”宁夏伊品生物科技股份有限公司海关业务负责人罗莹表示。
一年来,银川海关全力帮助进出口企业充分把握RCEP带来的新机遇,通过线上线下多种形式开展专题宣传培训,加强RCEP实施效果跟踪,在进出口两端同时释放政策红利,全力激发市场潜力,引导关区企业知惠、用惠、享惠,有效提振地区经济复苏信心。
截至目前,银川海关共为宁夏45家企业签发RCEP原产地证书652份,签证货值7.35亿元。签证产品主要出口至日本、韩国、泰国、新加坡、越南和马来西亚。以平均3%关税优惠计算,出口产品预计可享受目标国关税优惠约2205万元。同时,宁夏2022年共有7家企业享受RCEP协定关税优惠进口货物,合计进口货值1.04亿元,进口贸易国分别为日本和越南,预计可享受进口关税优惠约283万元。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)